«تفسير موضوعي» به معناي گردآوري آيات قرآن کريم درباره يک موضوع خاص و استنطاق آنها به منظور دستيابي به ديدگاه قرآني در خصوص يک موضوع است. در اين تحقيق با استفاده از روش توصيفي ـ تحليلي روش تفسير موضوعي دو انديشمند بزرگ آيت‌‌الله مصباح يزدي و آيت‌‌الله جوادي آملي بررسي گرديده و وجوه تشابه و تمايز روش‌ها ارائه شده است. در شيوه انتخاب و ترتيب موضوعات در تفاسير موضوعي، هر دو استاد در انتخاب موضوعات، هم از موضوعات درون‌متني و هم موضوعات برون‌متني استفاده کرده‌اند؛ اما در شيوه چينش موضوعات، يکسان عمل نکرده‌اند و چينش آيت‌الله مصباح يزدي ترجيح دارد؛ زيرا از مسائل مهم و اساسي دين شروع مي‌شود و جايگاه موضوعات به ترتيب آمده است. از ديگر امتيازات شيوه آيت‌الله مصباح يزدي در جمع‌آوري و دسته‌بندي آيات، محور قرار دادن توحيد است. در تفاسير موضوعي هر دو استاد به قواعد تفسيري توجه شده است؛ همچون توجه به سياق و نکات ادبي. آيت‌الله مصباح يزدي در موارد متعددي متعرض ديدگاه مفسران شيعه و سني شده ‌است، به‌ويژه ديدگاه‌هاي استاد خود علامه طباطبائي را در مکرر ذکر کرده و گاهي ادله‌اي براي رد آن ‌آورده و اين نشانه آزادانديشي ايشان در اظهارنظرها و ديدگاه‌هاست. هر دو مفسر از روايات استفاده کرده‌اند و در اين زمينه تفاوتي ميان آنها وجود ندارد. با توجه به اينکه هر دو مفسر از شاگردان برجسته علامه طباطبائي به‌شمار مي‌آيند و علوم عقلي را از محضر ايشان فراگرفته‌اند، ديدگاه‌هاي نسبتاً نزديکي در استفاده از برهان‌هاي عقلي دارند و گرايش تفسير عقلي در تفسير هر دو مفسر به‌چشم مي‌خورد.