روش شناسی به عنوان یک علم درجه دوم سطوح مختلفی دارد: شیوه های مطالعه، روش شناسی کاربردی، روش شناسی بنیادین و روش شناسی عام یا همان شیوة تفکر به صورت عام وکلی. آنچه که در این مقاله مورد تحلیل قرار گرفته است، روش شناسی بنیادین است. در این مقال به این سؤال اساسی پاسخ داده شده است که چگونه می توان بر اساس انگاره های کلی برگرفته از آموزه های دینی، نظریه ای تولید کرد که روش خاص به خود را داشته باشد. به طور کلی، نظریات مربوط به علومی، که به موضوعات خاص می پردازند، در خلأ شکل نمی گیرد، بلکه بر اساس یک مجموعه اصول موضوعه ومبادی خاصی تدوین می یابد. شناخت آن فلسفه و چارچوب برای بازشناسی نظریه ها ضروری است. چنین به نظر می رسد که، بر اساس انگاره های معرفت شناختی وحی، عقل، نقل، تجربه و حس می توان روش شناسی بنیادین خاص خود جهت تولید نظریات علمی را داشت.