حوزة علوم دین، معارف اسلامی و فلسفه حوزه ای فراملی است که از سویی از دیرینگی برخوردار است و از سوی دیگر در ابعاد جهانی مورد التفات، احترام، انتقاد و عنایت و دشمنی است که در آن، آموزش و مقولة پژوهش نیز پا به پای مقارنت و معاضدت تحولات آن مورد توجه بوده است. در حال حاضر توجه به امر پژوهش در این عرصه عمیق تر و دغدغة اصلی فرهیختگان این عرصة ملی و بین المللی است. این نوشتار ضمن مفهوم شناسی و پیشینه کاوی شاخصه ها و مؤلفه های اساسی، عمدة بحث را به سمت و سوی مقوله پژوهش در حوزة معارف دینی و تعلیم و تربیت اسلامی سوق داده و با بیان مسئله، اهداف ، اهمیت و محوریت موضوع و سپس مفهوم شناسی در صدد تبیین نظام علمی روش تحقیق این وادی و ارائة ساختار مناسب «نظام پژوهشی» حوزه محور است. این مهم با تبیین مأموریت نظام پژوهشی و اهدف آن و وظایف مدیریت دانایی محور و پژوهش مدار صورت گرفته و سپس الگوی خط مشی گذاری نظام پژوهش و مؤلفه های جامع در چهارده محور در کانون بررسی قرار گرفته و به مقولة آموزش و تأثیر آن در پژوهش حوزه اشاراتی شده است.